Im Auwald an der Isar im Bereich des Forstbetriebes Freising kommt die Schwarzpappel noch in einem der größten autochthonen Bestände in Süddeutschland vor. Der Forstbetrieb finanzierte ein Kartierungsprojekt, das Grundlage für das anschließende Schutzmanagement ist. Dabei konnten allein am Nordufer bislang 468 Exemplare kartiert und genetisch bestätigt werden. Weitere Schwarzpappeln wurden in den Distrikten Untere Au, Freisinger Au und Erchinger Au nachgewiesen. Mit zahlreichen weiteren Schwarzpappeln in anderen Distrikten ist zu rechnen.

Im Forstbetrieb Freising werden Schwarzpappeln grundsätzlich nicht gefällt. Sofern es waldbaulich erforderlich ist, wird den Schwarzpappeln durch Entnahme von Nachbarbäumen anderer Baumarten mehr Wuchsraum verschafft. Die (sehr spärlich) vorhandene Naturverjüngung wird systematisch gefördert. Bestrebungen zur Vermehrung durch Samen oder durch Stecklinge werden aktiv unterstützt.

Die Schwarzpappeln in der Bruckberger Au sind als Saatgutbestand anerkannt, so dass auch neue Pflanzen in anderen geeigneten Auwaldbereichen gesetzt werden dürfen. So konnte z. B. im Jahr 2007 ein Kleinbestand mit Schwarzpappeln in der Abteilung Höselwasen des Distrikts 46 Untere Au gepflanzt werden. Insgesamt wird die Schwarzpappel im Sinne eines Waldartenschutzprogramms planmäßig gefördert.

Eng vergesellschaftet mit der Schwarzpappel an der Isar ist die Lavendelweide, welche bei der Schwarzpappeluntersuchung mit 69 Exemplaren bestätigt wurde. Die Lavendelweide wird im Rahmen der Maßnahmen zugunsten der Schwarzpappel mit gefördert. Künstlicher Erhaltungsmaßnahmen bedarf es nicht.

Auf den bisher genannten Standorten hat sich auch ein beachtlicher Rest an Flatterulme erhalten. Allein in der Bruckberger Au nördlich der Isar konnten 580 Exemplare bestätigt werden. 300 Stück davon wurden vom Forstbetrieb im Rahmen eines planmäßigen Nachzuchtprogramms neu gepflanzt. Das Nachzuchtprogramm erstreckt sich dabei über die gesamte Isarau zwischen München und Landshut, so dass die Vielfalt an Baumarten in diesem Bereich deutlich erhöht wurde. Flatterulmen werden bei allen Hiebsmaßnahmen geschont und gefördert.

Das Projekt wurde zusammen mit Partnern durchgeführt, teilweise sind auch Mittel aus Ausgleichsmaßnahmen verwendet worden.